Hidalgo rời Aguascalientes và tham gia khóa học cho Zacatecas. Tại đây, người ta đã xác định được rằng các nhà lãnh đạo chính, với quân đội tốt nhất và tiền bạc, đã rời sang Hoa Kỳ.
Khi họ đang trên đường đi, họ bị những người bảo hoàng bắt làm tù binh vào ngày 21 tháng 3 tại Norias del Baján hoặc Acatita del Baján. Hidalgo được đưa đến Monclova, từ đó anh rời đi vào ngày 26 tháng 3 qua Alamo và Mapimí và vào ngày 23, anh vào Chihuahua. Sau đó, quy trình được hình thành và vào ngày 7 tháng 5, tuyên bố đầu tiên đã được thực hiện. Tính cách giáo hội của Hidalgo khiến quá trình của anh ta bị trì hoãn nhiều hơn so với những người bạn đồng hành của anh ta.
Bản án cách chức được tuyên vào ngày 27 tháng 7 và ngày 29 tháng 7, nó được thi hành tại Bệnh viện Hoàng gia, nơi Hidalgo bị giam cầm. Tòa án tuyên án tù nhân phải được khoanh tay, không phải ở nơi công cộng như đồng bọn của anh ta, và bắn anh ta vào ngực chứ không phải vào lưng, do đó bảo toàn đầu của anh ta. Hidalgo nghe câu đó một cách bình tĩnh và chuẩn bị chết.
Ngày cuối cùng của anh ta được mô tả như sau: “Trở lại nhà tù, anh ta được phục vụ bữa sáng bằng sô cô la, và sau khi lấy nó, anh ta cầu xin rằng thay vì nước anh ta được phục vụ một ly sữa. Một lúc sau anh ta được thông báo rằng đã đến lúc phải chịu sự tra tấn; Anh ta nghe thấy nó mà không thay đổi, đứng dậy và tuyên bố rằng anh ta đã sẵn sàng rời đi. Thực ra, anh ta bước ra từ khối lập phương gớm ghiếc mà anh ta đang ở, và tiến lên được mười lăm hoặc hai mươi bước so với nó, anh ta dừng lại một lúc, bởi vì viên cảnh vệ đã hỏi anh ta xem có thứ gì được đề nghị để anh ta vứt bỏ lần cuối cùng không; Về điều này, anh ta trả lời rằng có, anh ta muốn họ mang cho anh ta một số đồ ngọt mà anh ta đã để trên gối của mình: họ thực sự đã mang chúng và đã phân phát chúng cho những người lính đã đốt cháy anh ta và đang hành quân phía sau anh ta, anh ta khuyến khích và an ủi họ với sự tha thứ của mình và những lời ngọt ngào nhất của anh ấy để họ hoàn thành nhiệm vụ của mình; Và vì ông biết rất rõ rằng ông đã được lệnh không được bắn vào đầu mình, và ông sợ mình sẽ phải chịu đựng rất nhiều, vì trời vẫn còn chạng vạng và các vật thể không được nhìn thấy rõ ràng, ông kết luận bằng cách nói: "Bàn tay phải mà tôi sẽ đặt trên ngực mình sẽ là. , các con của tôi, mục tiêu an toàn mà các con phải đến ”.
“Băng ghế của cuộc tra tấn đã được đặt ở đó trong một bức tường bên trong của ngôi trường được giới thiệu, không giống như những gì đã được thực hiện với các anh hùng khác, những người bị hành quyết ở quảng trường nhỏ phía sau tòa nhà nói trên, và nơi có tượng đài ngày nay. điều đó khiến chúng ta nhớ đến anh ấy, và trung tâm mua sắm mới mang tên anh ấy; và khi Hidalgo biết về nơi mình sẽ đến, anh ta bước đi với một bước đi vững chắc và thanh thản, và không để mắt bị bịt, cầu nguyện với giọng mạnh mẽ và nhiệt thành bài thánh vịnh Miserere me; Anh đến đoạn đầu đài, hôn anh với sự cam chịu và tôn trọng, và bất chấp sự thay đổi nào đó không khiến anh ngồi quay lưng lại, anh vẫn ngồi quay mặt về phía trước, anh đặt tay lên trái tim mình, anh nhắc nhở những người lính rằng đây là chỉ nơi họ nên bắn anh ta, và một lúc sau, năm khẩu súng trường phát nổ, một trong số đó có hiệu quả xuyên qua bàn tay phải mà không làm tổn thương tim. Người anh hùng, gần như mất bình tĩnh, cố gắng cầu nguyện, và tiếng nói của họ im bặt khi một khẩu súng trường khác được kích nổ lần nữa, những viên đạn của người, đi qua cơ thể, phá vỡ mối liên kết trói buộc anh ta với băng ghế, và người đàn ông ngã xuống một hồ máu, anh ấy vẫn chưa chết; ba viên đạn nữa là cần thiết để kết luận sự tồn tại quý giá đó, thứ đã tôn trọng cái chết trong hơn 50 năm. "
Đầu của ông, cùng với của Allende, Aldama và Jiménez, được đặt trong lồng sắt ở các góc của Alhóndiga de Granaditas ở Guanajuato. Thi thể được chôn cất theo thứ tự thứ ba của San Francisco de Chihuahua, và vào năm 1824, thân và đầu được đưa đến Mexico, để được chôn cất rất trang trọng.
