Việc thuộc địa hóa những vùng đất xa xôi này đã đạt được nhờ vào ý chí kiên định và công việc không mệt mỏi của một nhóm các nhà truyền giáo Dòng Tên, những người biết rằng những kẻ chinh phục không thể khuất phục được thổ dân, họ đã quyết định mang phúc âm đến cho họ, nhờ đó đạt được những gì. điều đó đã không đạt được bằng vũ khí.
Do đó, vào cuối thế kỷ XVII, dưới sự khởi xướng nhiệt tình của Tu sĩ Dòng Tên Eusebio Kino, người đã được chính quyền Tây Ban Nha cho phép bắt tay vào cuộc thám hiểm của Đô đốc Isidro Atondo y Antillón, các nhà truyền giáo đã đến nơi được cho là một hòn đảo, để truyền giáo cho những cư dân chưa thuần hóa của nó. Để cho phép, Vương miện đã ra điều kiện rằng cuộc chinh phục phải được thực hiện dưới danh nghĩa của Vua Tây Ban Nha và các nhà truyền giáo tự mình có được các nguồn lực để thực hiện công việc này.
Cơ quan truyền giáo đầu tiên, Santa María de Loreto, được thành lập vào năm 1697 bởi Cha José María Salvatierra, người từng ở Tarahumara, và là người mà Cha Kino đề nghị thực hiện công việc vĩ đại. Santa María de Loreto là thủ đô chính trị, kinh tế và tôn giáo của California trong hơn một trăm năm.
Trong ba phần tư thế kỷ tiếp theo, các nhà truyền giáo đã thành lập một chuỗi mười tám pháo đài tuyệt vời, được liên kết bởi cái gọi là "con đường hoàng gia" mà chính họ đã xây dựng, nối vùng Los Cabos, ở phía nam bán đảo, với biên giới hiện tại với chúng ta láng giềng về phía bắc; Điều này có thể xảy ra vì trong số những người truyền giáo có những tuyên úy có kiến thức về xây dựng và kỹ thuật thủy lợi.
Trong số những công trình kiến trúc đáng gờm này, một số công trình tồn tại trong tình trạng hoàn hảo, chẳng hạn như San Ignacio, một trong những công trình đẹp nhất và được bảo tồn tốt nhất, được xây dựng bởi Cha Juan Bautista Luyando vào năm 1728; của San Francisco Javier, được thành lập vào năm 1699, bao gồm một nhà nguyện nhỏ bằng gạch nung và một nhà của linh mục do Fray Francisco María Piccolo xây dựng; tòa nhà hiện tại được xây dựng vào năm 1774 bởi Cha Miguel Barco, và do kiến trúc tuyệt đẹp, nó đã được coi là "viên ngọc quý của các sứ mệnh của Baja California Sur"; của Santa Rosalía de Mulegé, được thành lập vào năm 1705 bởi Cha Juan María Basaldúa, cách Loreto 117 km về phía bắc, là một trong những địa điểm có vị trí tốt nhất, vì nó được xây dựng trong một ốc đảo bên biển.
Các nhiệm vụ đã kết hợp vẻ đẹp của kiến trúc và sự phong phú của trang trí với một môi trường thực tế, cho phép các khu định cư lâu dài được thiết lập xung quanh họ. Các nhà truyền giáo không chỉ truyền giáo cho thổ dân, mà còn dạy họ làm cho sa mạc trở nên hoa trái bằng cây chà là; họ giới thiệu chăn nuôi và trồng ngô, lúa mì và mía; Họ đã quản lý để đất trồng cây ăn quả như bơ và sung, và để tuân thủ các nghi thức tôn giáo yêu cầu rượu và dầu, họ đã xin phép trồng nho và cây ô liu, những thứ bị cấm trong phần còn lại của Tân Tây Ban Nha, và nhờ đó mà ngày nay rượu vang và dầu ô liu tuyệt vời được sản xuất trong khu vực. Và nếu tất cả những điều này là chưa đủ, họ cũng đã giới thiệu những bụi hoa hồng đầu tiên nở rộ ở những vùng đất này và ngày nay nó tô điểm cho các công viên và khu vườn của toàn bộ bán đảo.
