Các cuộc xâm lăng liên tục của nhà chinh phạt người Tây Ban Nha Don Nuño Beltrán de Guzmán tới các vùng đất phía tây của đất nước, nhằm tăng cường quyền thống trị và quyền lực của mình đối với các lãnh thổ đó, dẫn đến việc thành lập một tỉnh mới gọi là Vương quốc Galicia mới.
Khu vực này là nơi sinh sống của nhiều nhóm bản địa khác nhau, những người liên tục tàn phá các khu định cư mà người Tây Ban Nha đã thành lập ở đó. Trung úy của Nuño de Guzmán, Đại úy Juan B. de Oñate, nhận lệnh bình định các tỉnh đó và thành lập Villa de Guadalajara ở nơi được gọi là Nochistlán, một sự thật đã hoàn thành vào ngày 5 tháng 1 năm 1532. Theo quan điểm của các cuộc tấn công thường xuyên của người bản địa vào thành phố một năm sau ông phải chuyển đến Tonalá và sau đó là Tlacotlán. Một cuộc chuyển nhượng thứ ba đã được thực hiện để giải quyết thị trấn ở Thung lũng Atemajac, nơi thành phố được thành lập chính thức vào ngày 14 tháng 2 năm 1542 với sự hiện diện của Cristóbal de Oñate là thống đốc của Nueva Galicia và Don Antonio de Mendoza, sau đó là phó vương của Tân Tây Ban Nha, người đã bổ nhiệm Miguel de Ibarra thị trưởng và trung tá thống đốc.
Thành phố phát triển nhanh chóng và bắt đầu cạnh tranh với thành phố Compostela (ngày nay là Tepic), nơi sau đó là trụ sở của các quyền lực tôn giáo và dân sự, do đó cư dân của Guadalajara đã gây áp lực lên chính quyền Audiencia, tức là nhà vua. Felipe II quyết định ban hành Cédula ngày 10 tháng 5 năm 1560 để chuyển từ Compostela đến Guadalajara, Nhà thờ, Tòa án Hoàng gia và các quan chức Ngân khố.
Cấu trúc đô thị được quy hoạch theo cấu trúc của các thành phố thuộc địa khác, vì vậy bố cục của nó được phát triển theo hình bàn cờ từ quảng trường San Fernando. Sau đó, các khu phố Mexicaltzingo và Analco được thành lập bởi Fray Antonio de Segovia, và khu phố Mezquitán, một trong những khu lâu đời nhất. Các ngôi nhà của tòa thị chính cũng được xây dựng, phía trước là ngôi đền San Agustín hiện tại và là nhà thờ giáo xứ đầu tiên nơi có Cung điện Công lý.
Ngày nay, thành phố tráng lệ, có nhiều tòa nhà thuộc địa, trưng bày rất nhiều ví dụ kiến trúc có liên quan, chẳng hạn như Nhà thờ của nó, một địa điểm không thể bỏ qua, được xây dựng từ năm 1561 đến năm 1618 bởi kiến trúc sư Martín Casillas. Phong cách của ông đã được xếp vào loại baroque mới bắt đầu. Cấu trúc vững chắc của nó mọc lên phía trước Plaza de Guadalajara ngày nay, với những ngọn tháp kỳ lạ, mặc dù chúng không thuộc về phong cách ban đầu của tòa nhà, hiện được công nhận là biểu tượng của thủ đô Guadalajara. Các tháp nguyên thủy đã bị phá hủy vào thế kỷ 19 bởi một trận động đất, vì vậy những tháp ngày nay đã được thêm vào. Nội thất của ngôi đền theo phong cách bán Gothic, bao gồm cả các mái vòm được làm bằng ren.
Các khu vực tôn giáo khác từ thế kỷ 16 là tu viện San Francisco, được thành lập vào năm 1542 gần sông, trong khu phố Analco, và gần như bị phá hủy hoàn toàn trong cuộc Cải cách. Ngôi đền của nó, được cải tạo vào cuối thế kỷ 17, với mặt tiền Baroque của những đường nét Solomonic khiêm tốn, vẫn được bảo tồn. Tu viện San Agustín, được thành lập vào năm 1573 bởi Sắc lệnh Hoàng gia Felipe II và hiện đang bảo tồn ngôi đền với mặt tiền của những đường nét Herreria nghiêm trọng và bên trong có những mái vòm có gân.
Santa María de Gracia, một cơ sở tu viện khác, do các nữ tu Đa Minh từ Puebla chiếm giữ, được xây dựng vào năm 1590 ở phía trước Plaza de San Agustín và được Hernán Gómez de la Peña trả tiền. Việc xây dựng chiếm đến sáu khối nhà, mặc dù ngày nay chỉ có ngôi đền của nó vẫn tồn tại, với mặt tiền tân cổ điển từ nửa sau của thế kỷ 18.
