Di tích khảo cổ học của Ixtépete, một trung tâm nghi lễ gần thành phố Guadalajara thuộc khu tự quản Zapopan và những phát hiện gần đây về hơn 20 ngôi mộ trục ở Thung lũng Atemajac, cho phép chúng ta suy luận rằng có những nghề quan trọng trong thời kỳ cổ điển (200 BC-650 SCN)
Không lâu trước cuộc chinh phục, Thung lũng là nơi sinh sống phần lớn của các nhóm Cocas và Tecuexes, tụ tập trong các ngôi làng nhỏ phụ thuộc vào sự thống trị của Tonallan, đã bị Nuño Beltrán de Guzmán đệ trình mà không bị phản kháng nhiều vào năm 1530.
Vào cuối năm sau, Guzmán tiến hành cuộc chinh phục về phía bắc, giao cho Juan de Oñate băng qua khe núi của sông Santiago và càng xa càng tốt nhưng với sự thận trọng, tìm thấy một người Tây Ban Nha mà không lộ diện. Vì vậy, vào ngày 5 tháng 1 năm 1532 tại vùng lân cận Nochistlán, thuộc Zacatecas ngày nay, Guadalajara được thành lập.
Các điều kiện bất lợi cho những người định cư đã khiến cho việc chuyển thành phố này đến Tonalá, nhưng thời gian ở lại đó chỉ tồn tại trong thời gian ngắn và không lâu sau khi những người gốc Tây Ban Nha định cư gần Tlacotan, nơi họ ở lại cho đến năm 1541. Cuộc nổi dậy của người caxcanes hay được gọi là chiến tranh Mixtón, Ông đã đặt nền thống trị của Tây Ban Nha vào tình trạng nguy hiểm nghiêm trọng, ông đến vùng ngoại ô của Guadalajara. Với cuộc nổi dậy "bằng lửa và máu" của đội quân hùng mạnh do Phó vương Antonio de Mendoza lãnh đạo, thành phố đã đạt được hòa bình nhưng không có lao động bản địa, vì vậy, để tìm kiếm nó, họ quyết định di chuyển dân cư, tìm kiếm đủ Valle de Atemajac, nơi nền móng cuối cùng và cuối cùng được xây dựng vào ngày 14 tháng 2 năm 1542. Sau đó, tin tức được xác nhận rằng, gần ba năm trước, nhà vua đã ban cho nó thứ hạng và đặc quyền của thành phố.
Năm 1546, Giáo hoàng Paul III thành lập Tòa Giám mục của Nueva Galicia và năm 1548 Audiencia cùng tên được thành lập; Trụ sở chính của cả hai khu vực pháp lý, ban đầu ở Compostela, Tepic, cho đến năm 1560, việc đổi thành Guadalajara được đặt ra, do đó làm cho nó trở thành người đứng đầu tư pháp của lãnh thổ rộng lớn sau đó được gọi là Audiencia của Guadalajara, thủ đô của Vương quốc Nueva Galicia và là thủ phủ của Bishopric. Vì mọi thành phố của Tây Ban Nha được vẽ giống như một bàn cờ từ quảng trường San Fernando và cũng theo phong tục, các khu dân cư bản địa của Mexicaltzingo, Analco và Mezquitán đã bị loại khỏi kế hoạch. Quá trình truyền giáo được bắt đầu bởi các tu sĩ dòng Phanxicô, sau đó là các dòng Augustinô và Dòng Tên.
Dần dần, với những khó khăn và thất bại nhưng cũng có những thành công, Guadalajara đã lớn mạnh và trở thành một trung tâm kinh tế và quyền lực, đến nỗi vào giữa thế kỷ 18, một số lượng đáng kể những người giàu có từ Guadalajara muốn Nueva Galicia và Nueva Vizcaya hội nhập một nền kinh tế hoàn toàn nước ngoài. đến Tân Tây Ban Nha, một mục tiêu không đạt được vì các cuộc cải cách chính trị-hành chính năm 1786 đang ở ngưỡng cửa, điều này đã sửa đổi cấu trúc lãnh thổ, chia toàn bộ phó trung thành thành 12 thành phố tự trị, một trong số đó là Guadalajara.
Trong thời kỳ thuộc địa, đặc biệt là vào thế kỷ 18, sự bùng nổ kinh tế đã để lại một di sản kiến trúc, văn hóa và nghệ thuật, những chứng tích của nó vẫn còn lưu lại khắp thành phố.
Các làn sóng ủng hộ độc lập chạy khắp lãnh thổ Tây Ban Nha Mới đã thâm nhập vào Jalisco, do đó khi Chiến tranh giành độc lập nổ ra ở các khu vực khác nhau của Thành phố đã có các cuộc nổi dậy.
Vào ngày 26 tháng 11 năm 1810, Don Miguel Hidalgo, chỉ huy một đội quân lớn, tiến vào Guadalajara và được đón bởi José Antonio Torres, người trước đó đã chiếm thành phố không lâu. Hidalgo tại đây đã ban hành sắc lệnh bãi bỏ chế độ nô lệ, đóng dấu giấy và alcabalas và tài trợ việc in tờ báo nổi dậy El Despertador Americano.
Vào ngày 17 tháng 1 năm 1811, quân nổi dậy bị đánh bại trên cầu Calderón và quân bảo hoàng của Calleja đã thu phục được Guadalajara, dưới sự chỉ huy của José de la Cruz, người cùng với Giám mục Cabañas, tiêu diệt mọi cuộc nổi dậy bùng nổ.
Được tuyên bố độc lập vào năm 1821, nhà nước Jalisco tự do và có chủ quyền được thành lập, để lại Guadalajara là thủ đô của nhà nước và là trụ sở của các quyền lực.
Sự bất ổn kéo dài suốt gần như toàn bộ thế kỷ XIX ở đất nước, trầm trọng hơn bởi các cuộc ngoại xâm, đã gây khó khăn, nhưng không ngăn cản nhà nước và đặc biệt là ở thủ đô tiếp tục phát triển theo nhiều trình tự khác nhau. Các ví dụ hữu hình là: trong phần tư thứ hai của thế kỷ, việc thành lập Viện Khoa học Nhà nước; việc xây dựng Trường Nghệ thuật và Thủ công, Vườn Bách thảo, Nhà đền tội và Điện thờ ở Bethlehem, cũng như mở cửa các nhà máy đầu tiên.
Vào đầu những năm 80, xe điện đô thị có sức kéo của động vật xuất hiện, đèn điện được lắp đặt vào năm 1884, năm 1888 tuyến đường sắt đầu tiên ở Mexico đến và của Manzanillo vào năm 1909. Vào những năm chín mươi, Don Mariano Bárcena thành lập Đài quan sát thiên văn và Bảo tàng Công nghiệp.
Trong cuộc cách mạng, ở Guadalajara đã có một số hoạt động nổi dậy chống lại chế độ độc tài Díaz, chẳng hạn như các cuộc đình công của công nhân và các cuộc biểu tình của sinh viên, và Madero thậm chí còn được đón nhận vào năm 1909 và 1910 với sự bày tỏ thiện cảm. Tuy nhiên, không có sự kiện hiếu chiến nào xảy ra sau đó. Mặt khác, thủ đô Guadalajara phải trải qua một loại hình trì trệ kết thúc vào năm 1930 sau khi nền hòa bình bị phá vỡ bởi cuộc chiến tranh Cristeros được đồng ý, bắt đầu khát vọng hiện đại hóa chưa kết thúc.
Xem thêm Các thành phố thuộc địa: Guadalajara, Jalisco
