Việc Cơ đốc giáo hóa Yaquis là điều đã cho phép tôn giáo này lan rộng vào năm 1609, thâm nhập vào lãnh thổ của Sonora.
Trong thời kỳ Thuộc địa, Sonora chỉ tương ứng với các sườn của Sierra Madre Occidental nằm trong giới hạn của thực thể đó. Vùng chạy về phía bắc từ sông Yaqui, bao gồm Real de la Cieneguilla, được gọi là Pimería Baja và vùng cực bắc từ Real đến sông Colorado - đã thuộc bang Arizona hiện tại của Bắc Mỹ - được gọi là Pimería Alta.
Lãnh thổ Sonoran hiện tại cũng bao gồm một vùng nhỏ ở phía tây nam của vùng mà lúc đó được gọi là Pimería, nằm ở bang Chihuahua và Ostimuri, một nơi nằm trên bờ biển của Vịnh California, giữa sông Mayo và Yaqui.
Năm 1614, các nhà truyền giáo Pérez de Rivas và Pedro Méndez đã Kitô giáo hóa người Maya ở khu vực Ostimuri, chia truyền giáo thành ba Quận: Santa Cruz (ở cửa sông Mayo), Navojoa và Tesia.
Tepahues được hợp nhất cùng với Cornicaris vào năm 1620. Cha Miguel Godínez thành lập các cơ quan truyền giáo San Andrés de Cornicari và Asunción de Tepahui. . Cùng năm đó, Chính quyền San Ignacio được thành lập, ngoài 5 nhiệm vụ đã đề cập trước đó, các nhiệm vụ của Bacúm, Torín và Rahún, nằm ở miệng Yaqui.
Năm 1617, Yaquis được chuyển đổi bởi cha mẹ Pérez de Rivas và Tomás Basilio. Mặc dù phải hứng chịu các cuộc nổi dậy, bạo loạn, cực hình và giết người, sự chuyển đổi của Sonora nhanh hơn và mạnh mẽ hơn. Đến thế kỷ 17, các tu sĩ Dòng Tên đã mở rộng và thành lập sứ mệnh của Maycoba và Yecora ở phía tây nam nơi họ gọi là Chínipas.
Các nhiệm vụ từ sông Yaqui về phía bắc được chia thành bốn trực thuộc: San Borja nhóm các nhiệm vụ của: Cucumaripa và Tecoripa , thành lập năm 1619; Movas và Onovas, năm 1622; Sahuaripa năm 1627; Matape năm 1629; Onapa năm 1677 và Arivechi , năm 1727. Hiệp hội Ba Thánh Tử đạo Nhật Bản bao gồm Batuco thành lập năm 1627, Oposura năm 1640 và Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca và San Miguel Bavispe , thành lập năm 1645. Và Hiệp hội San Javier đã tích hợp các sứ mệnh của Ures vào năm 1636; Aconchi, Opodepe và Banámichi năm 1639; Cucurpe và Arizpe năm 1648, và Cuaquiárachi năm 1655.
Năm 1687, nhà truyền giáo Eusebio Francisco Kino đến Pimería Alta và bắt đầu các sứ mệnh của Hiệp hội Nuestra Señora de los Dolores, thành lập: Caborca, nơi mà Francisco Javier Saeta được chỉ định là người duy trì thư từ với sự hỗ trợ tinh thần của ông, người cha. Kino; Atil, Tubutama, Đức Mẹ Sầu Bi từ Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera và Imuris.
Sau khi các tu sĩ Dòng Tên bị trục xuất, các công cuộc truyền giáo do các tu sĩ Phanxicô phụ trách, họ không xây dựng thêm và chỉ giới hạn trong việc cố gắng bảo tồn những cái hiện có. Khi các tu sĩ Dòng Tên đã thiết lập các khu định cư ở Sinaloa và Sonora, họ hướng mắt về lãnh thổ California.
